用于检验假设的实证案例研究经常被自然科学研究者批判说缺乏控制性的观测，控制性的演绎，可复制性以及发现的广义性，而这些都是实证研究的传统准则。尽管如此，这些批判可以通过合适的案例研究设计来克服。例如，关于控制性的观测的问题指的是在案例研究中难以获得实验或者统计控制。然而，案例研究者可以采用“自然控制”的方式来弥补这种控制上的不足。在马库斯的研究中，自然控制指的是作为系统最初的拥护者，公司层的会计师在被移至其所控制的部门时便开始抵制这个系统了。在这种情况下，其行为变化可以归咎为其新的部门职位。不过这种自然控制并不能提前预知，除非他们非常积极地去寻求这种控制否则他们会忽略这种控制。顺便提一下，自然控制也应用于自然科学领域，如天文学、地质学、人类生物学，例如等待彗星足够接近地球时再对彗星的组成成分进行推断。
关于控制性的演绎的问题指的是由于大部分案例研究数据是定性的，所以缺乏充足的定量证据以支持推论。尽管缺乏定量数据以进行假设检验（如t检验），控制性的演绎仍然可以通过根据理论考虑进行行为预测进而长期地去检验这些预测来实现。马库斯在其研究中采用这种策略形成了三种关于用户抵制的可能性理论假说，当前两个理论的预测与实际观测不匹配时，拒绝了这两个理论。在这种情况下，假设是通过逻辑观点而非数学检验而检验的，其与统计结论同样有效，因为数学也是逻辑的一个子集。
第三，复制性的问题指的是由于案例站点的特殊性与异质性而难以观测到同样的现象。不过，以马库斯的三个理论为例，不同的研究者可以在不同的案例站点检验同一个理论，那么基于三种异质的新站点会形成三个不同预测，然后可以对这三个预测进行相应的检验。换言之，案例研究的结论是可能复制的，尽管案例研究站点或情境并不能复制。
第四，案例研究倾向于研究独特性的、不可复制的现象，使得其不能推广到其他情境。自然科学中的广义性是通过累加的研究建立的。相似地，在不同的情境中进行的累加性案例会形成不同的预测，如果这些发现在不同的研究中是一致的，则其广义性便证实了。
最后，英国的哲学家卡尔·波普尔刻画了科学理论的四个条件：（1）理论应该是可证伪的；（2）理论应该是逻辑一致的；（3）理论应具有充分的预测能力；（4）理论应比其他竞争性理论提供更好的解释。在案例研究中，前三个条件可以通过增加所观测到的研究发现的自由度而实现，例如增加案例站点数量、增加其他的备选预测以及增加分析层面的数量。这些已经在马库斯的研究中通过检验多组行为（部门会计师与公司会计师）和提供多个（三个）竞争性解释得以实现。在该研究中，波普尔的第四个条件也在发现一个假设比另外两个竞争性假设与观测事实更加匹配时得以实现。
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