科学界所广泛接受的道德行为准则如下：
自愿参加和无恶意原则。研究项目中的被调查者应该认识到他们是自愿参与该项研究的，他们可以在任何时候退出该研究，并且对其自身不会带来任何不利的结果。 被调查者不会因为是否参加这个研究项目而受到任何伤害。最为恶名昭著的违反自愿原则的例子或许是纳粹科学家在第二次世界大战期间对囚犯强制实施的医学试 验，这个事件记载于战后的纽伦堡审判中（“反人类罪”这一专业术语就来源于这些实验）。不太为众人所知的还有由美国公共卫生署在1932-1972年间实 施的塔斯基吉梅毒实验。在这个实验中，400多名贫困的非洲裔美国人虽身患梅毒，但是却没有得到青霉素的治疗，而是被迫接受脊椎穿刺的错误治疗方式。即使 被试验者没有受到致命的威胁，他们也不应因为参与试验而遭受任何痛苦。1971年，心理学家菲利普·赞巴尔度发明了斯坦福监狱实验，实验为斯坦福的学生随 机分配囚犯或警卫的角色，并要求其扮演各自到的角色。当发现扮演囚犯的学生因这种模拟监禁过程而受到精神伤害，而扮演警卫的学生也产生与自我形象相反的虐 待倾向时，这个实验就被终止了。
如今，若教员要求学生填写问卷，教员应告诉学生可自愿决定是否参与，并且学生不用担心他们由于没有参加实验而影响到其在班级中的成绩。比如，对参与实验的学生提供奖励分而对不参与实验的学生不提供奖励分，这种做法是不道德的，因为这使得不参与实验的学生处于明显的劣势。为了避免这种情况的发生，教员可为不参与实验的学生提供可替代的任务，这样学生就可弥补其因为没有参与这项研究所损失的奖励分。或者，教员也可以为每个学生都提供奖励分，而不管其是否参与研究实验。此外，所有的参与者都必须接受并签订知情同意书，并明确规定参与者在回答被记录之前，有权决定不参与研究或退出此项研究。在医学研究中，知情同意书必须详细说明参与主体可能承担的所有风险。对于18岁以下的参与主体，知情同意书应由其父母或其法定监护人签署。为了遵照学科或工作环境下的科学行为规范，研究人员应在数据收集程序结束后的一段时间内（通常是三年）保存知情同意书。
匿名原则和保密性原则。在科学研究中，为了保护被调查者的利益，研究人员必须保护他们的身份。这个可通过匿名和保密双重原则来实现。匿名原则是指研究人员或研究报告和论文的读者不能识别出某个特定被调查者的回答。科学研究中运用匿名原则的例子是在邮件问卷中不使用可找出特定被调查主体的识别号。在调查离经叛道或非正常的行为时，比如吸食毒品和非法下载音乐等，若不能承诺匿名调查，被调查者将可能不会提供真实的回答。更进一步而言，匿名原则必须对被调查者与侦查并追踪这些非法行为主体的法律监管部门或其他机构进行隔绝。
在一些研究设计中，如面对面访谈，匿名原则是无法保证的。在其他研究设计中，如纵向维度的实地调查研究，由于需要对同一主体在不同时间点的回答进行匹配并进行纵向分析，因此匿名原则也是不可行的。在这些情形下，研究人员必须对被调查者的信息进行保密，即研究人员虽然可识别被调查主体对应的回答，但是应保证不在任何报告、论文或公共论坛中泄露被调查者的身份。相对于匿名原则而言，对被调查主体的信息进行保密是较弱的一种保护方式，这是因为社会研究数据并不能如与牧师或律师之间的交流那样在美国法院中享有特许交流权。比如，在埃克森•瓦尔迪兹油轮在阿拉斯加的瓦尔迪兹港口附近泄漏了一千万桶原油的两年后，经济和环境受到侵害的社区委任圣地亚哥的一家研究公司调查被波及的家庭中所存在的心理问题，及与之相关的各种私人且尴尬的细节。因为美国原住民的文化规范会让公开披露这类信息的居民变得痛苦且困难的，所以被调查者之前被承诺他们的回答将严格保密。当证据被提交至法庭时，埃克森要求法庭呈示原始的调查问卷（及身份识别信息）以盘问被调查者之前的回答，而这些回答是在保密的承诺下提供给调查研究公司的，这个要求最终获得法庭的许可。幸运的是，埃克森•瓦尔迪兹油轮泄漏事件在受害者被强制要求进行公开作证之前得到了圆满的解决，但是，类似的与保密原则相违背的行为仍然存在。
更极端的例子是华盛顿大学研究生里克·斯卡尔斯的故事。斯卡尔斯进行了动物权利激进分子的参与式观察研究，并将观察结果记录于1990年发表的一本名为《Ecowarriors：Understanding the Radical Environmental Movement》的书上。1993年，斯卡尔斯被陪审团传唤，并要求指出他所研究的动物权利保护组织中的活跃分子。这名研究人员拒绝回答陪审团的问题，并坚守他作为美国社会学协会成员所应该遵守的道德责任。最终，这名学者在斯波坎县监狱被强制拘留159天。为了使自身免于遭受类似于里克·斯卡尔斯的痛苦经历，研究人员应在不需要相关文件和数据资料时立即删除其中的身份识别信息。2002年，美国卫生与公共服务部颁布了保密证明书来保护研究项目的参与者免于受到警方或其他监管部门的调查。并不是所有的研究项目都能得到这种保护，然而在许多情形下，这为保护参与者隐私提供了重要的支持。
披露原则。通常，研究人员有义务向被调查主体提供有关该研究的信息来帮助其决定是否参与这项研究。比如，这项研究由谁来实施，实施目的和预期研究结果是什么，谁将受益于这一研究等方面的信息。然而，在一些情形下，披露这类信息会带来被调查者的回答偏差。例如，如果研究目的在于检验被调查者在多大程度上会放弃个人观点，而遵照集体的想法，那么在此实验中，被调查者在发表个人见解之前，会听取其他人的观点。若在实验之前公布了研究目的，这将使得被调查主体对实验处理过程变得敏感。在这种情形下，即使在实验前并没有披露研究的目的，研究人员也应该在数据收集结束之后立即对情况进行简要的说明，并列出参与实验的潜在风险或伤害。
分析和报告。对学术界而言，研究人员也有汇报数据是如何进行分析和报告的道德责任。未预期的或负面的调查结果也应该予以充分地披露，即使这会导致人们质疑研究设计或调查结果。类似地，在研究完成之后由于偶然的机会或者通过数据挖掘等方法也会发现许多有趣的关系。而将调查结果作为故意设计的产物是不道德的，也就是说，在实证研究中不能基于数据分析的结果提出假设，因为数据是用来检验假设的，而不是用来建立假设的。把数据分割成不同的部分来对相关假设进行证实或证伪，或者宣称使用不同的数据集来撰写多篇论文都是不道德的。基于部分的、不完整的或不合适的数据分析，将可疑的观点错误地解释为真实有效的做法同样是不诚实的。只有做到公开诚实，科学才能进步。研究人员只有充分地披露研究中的问题才能更好地为服务于科学，也只有这样，他们才能帮助其他研究人员解决类似的问题。
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